净慧寺位于太湖北岸的新科港与六步港之间。相传那里原是三国时期东吴周瑜的水军行辕，后改建成寺。距今已有一千七百多年的历史了。

    净慧寺曾在历史上一度称为净慧寺，又名大悲庵。在1985年编纂的《无锡县志》中，此寺还以净慧寺之名记述。该寺于1999年进行了大修，重建了大雄宝殿，并恢复了原名净慧寺。净慧寺历来以供奉观音菩萨为主，这与其前身曾名为大悲庵有很大关系。